根据Medlar的说法，水处理设施必须克服的问题有很多:水传播疾病，破旧的基础设施和系统问题只是一些障碍。例如，Medlar告诉我们，来自水务基础设施网络的一份报告“估计，为了维护我们的系统，而不是改善它们，将需要每年大约230亿美元的投资。”
设施必须处理的另一个问题是政府对水质的严格规定。梅德尔解释说，美国环境保护署(EPA)将在2003年实施更严格的法律。他说，到那时，“所有适用于地表水的规定也将适用于地下水。此外，所有法规也将适用于所有公共供水系统，无论其规模大小。”(根据现行法律，小型系统不受某些规定的约束。)
为了解决这些问题，Medlar说，在过去的20年里，治疗过程发生了巨大的变化。“回到80年代，”他描述道，“我研究的第一种植物很简单——有味道、有气味、有颜色，把氯放进去，试着让水既美观又生物安全。消毒副产品闻所未闻，很多其他问题也不存在。”
如今的治疗方法更加复杂，设计师必须“关注我们试图去除的东西的细节，”Medlar说。“我们有所谓的协同拮抗作用，我们可以让不同的物质相互作用，有时它们在我们的治疗系统中相互作用，有时它们在人体中相互作用，这是非常非常难以改变的。”
Medlar解释说，当然，在选择处理工艺时，水专业人员必须考虑到他们处理的是地表水还是地下水——两种水源之间存在一些差异，处理应该是针对具体问题的。典型的地表水水质问题包括浑浊和悬浮颗粒;微生物和原生动物;水质变化快;温度变化;有机物及消毒副产物;以及未知的放电。另一方面，典型的地下水问题包括铁和锰;不稳定/合成有机物;腐蚀性; organic color; radionuclides; and arsenic.
尽管Medlar似乎表达了对地下水(特别是来自冲积含水层的地下水)的偏好，但他承认处理这两种水都有利弊。“我认为，冲积式提取系统的优点之一是，水质往往比地表水更稳定。这在运营工厂和工厂成本方面产生了巨大的不同。第二，温度趋于稳定。另一方面，我认为我们正面临砷和(地下水)放射性核素的重大挑战。”
无论是处理地表水还是地下水，Medlar确定了三种主要的水处理过程:化学添加、破坏/解毒和分离。他指出，破坏/解毒是许多业内人士认为他们未来想要去的地方，因为这些过程对环境没有影响，而分离过程则必须处理有害物质从水中去除后的残留物管理问题。
有哪些处理特定水问题的方法?Medlar引用了许多例子，但最终强调，在创建治疗系统时，设计师必须确保他们能够解决所有问题，而不仅仅是治疗一两个问题。他强调:“你必须着眼于整个矩阵。”“在某些情况下，我们过分强调技术，要求他们做的事情比他们真正能做的多一些。”
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